Développeur - Logiciel en bioinformatique

Ferlab | Génie logiciel 

Une équipe du CHU Sainte-Justine  

Au service des enfants atteints de maladies rares, cancers et autres conditions médicales graves, les applications et technologies que nous développons servent à optimiser l’utilisation des données massives de santé pour la recherche et ainsi contribuer à l’amélioration des traitements et diagnostics des petits patients du CHU Sainte-Justine et partout dans le monde.  

 

Développeur | Logiciel en bioinformatique 

Une carrière complètement différente 

Notre équipe s’agrandit !  Vous désirez mettre votre expérience en développement de logiciels au profit de la cause et ainsi contribuer positivement à la société ? C’est dans une atmosphère d’entraide et d’harmonie que nous faisons avancer les mandats qui nous tiennent à cœur. 

 

Votre rôle  

Libre dans vos fonctions 

Vous êtes autonomes et prenez vos responsabilités à cœur. Positif, créatif et ouvert aux idées nouvelles, vous faites preuve de flexibilité afin de réaliser votre mission. 

• Création, gestion et maintenance des pipelines d’analyse des données génomiques selon les standards Nextflow / nf-core (DSL2, modules, configurations), dans différents types d’environnements (HPC, CLoud, Kubernetes).
• Concevoir, corriger et tester diverses fonctionnalités et outils en lien avec les pipelines ainsi que la gestion des données génomiques. 
• Améliorer la qualité du code et des applications par l’écriture de tests.
• Effectuer le benchmarking, la validation et le suivi de performance des pipelines sur des jeux de données référence.
• Agir comme personne ressource en bioinformatique et en omique pour le reste de l’équipe.
• Participer aux revues de code (code reviews) des autres membres de l’équipe.
• Proposer des solutions d’amélioration et d’avancement technologique pour les différents projets et le stack techno en général.
• Participer à la documentation des différents processus. 

 

Nos stacks techniques 

Au-devant du marché 

Chez FerLab toutes les applications que nous créons sont à code source ouvert sur GitHub, nous privilégions d’ailleurs l’utilisation de logiciels Open Source. Agile, nous sommes toujours ouverts à explorer de nouvelles technologies et façons de faire. 

À la recherche des meilleures solutions, nous travaillons avec les plus récentes technologies telles que: Nextflow, Kubernetes, Docker, Python, Spark, R, SQL, Elasticsearch, Git, Github, Oauth2, Keycloak, AWS, Openstack, JWT, REST et autres outils d’intégration continue.  

 

Parce que vous faites une différence  
Nous voulons aussi en faire une pour vous 
Nous vous offrons des conditions qui s'harmonisent parfaitement avec vos obligations personnelles, pour vous faciliter la vie et non l’inverse ! 

• Télétravail ou présentiel – vous décidez selon ce qui vous convient le mieux.
• 35 heures semaine – vous aurez une grande flexibilité dans votre horaire.
• Sélection libre des vacances – vous débutez avec 4 semaines.
• 9.6 jours de congés maladie payés (3 en journées personnelles) – toujours pratique quand l’école ferme ou que le petit dernier a le nez qui coule.
• 13 jours fériés - au lieu de 10 (tel que prévu par la CNESST) – ici, on a 3 raisons de plus de célébrer !
• On vous offre un fonds de pension bien généreux – l’un des meilleurs sur le marché, rien de moins.
• Un régime d’assurance collective et un programme d’aide aux employés – pour vous et votre famille.
• Une garderie sur place – pour les parents qui souhaitent travailler en présentiel.
• Et, vous êtes libre de choisir votre environnement de travail - Linux ou Mac! 

 

Pour former une équipe unie 

Pas besoin d’être expert en biologie ou en médecine pour faire partie de notre équipe, l’essentiel est de : 

• Posséder une maitrise ou un doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou domaine équivalent.
• Connaissance de la bioinformatique et la génomique (obligatoire).
• Avoir une excellente connaissance des formats de données utilisés en génomique (FASTQ, BAM, CRAM, VCF, gVCF, et PLINK).
• Expérience démontrée avec Nextflow et les conventions nf-core (DSL2).
• Expérience pratique avec au moins deux types de données omiques (WGS/WES, RNA-seq, single-cell, long-read, ATAC, etc..).
• Maitrise des conteneurs (Docker, Singularity/Apptainer) et d’un ordonnanceur HPC (SLURM).
• Expérience en transcriptomique (un atout).
• Avoir de l’expérience professionnelle en développement logiciel.
• À l’aise avec la culture de revue de code (code reviews).
• Capacité à communiquer des concepts bioinformatiques à un public non spécialiste (cliniciens, développeurs, gestionnaires).
• Rigueur en communication technique (README, documentation de modules, décisions d’architecture).
• Être confortable dans un environnement agile et collaboratif
• La maitrise du français tant à l’oral qu’à l’écrit est essentielle pour ce poste. 
• Cette offre d’emploi s’adresse exclusivement aux personnes résidant actuellement au Québec. Les candidatures provenant de l’extérieur de la province ne seront pas considérées
• Avoir l’esprit technique et en mode solution
• Être curieux et aimer apprendre 
• Être aussi passionné de la cause que nous ! 

 

Composé de plus de 200 chercheurs reconnus, le Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine est le plus grand centre mère-enfant au Canada et l’un des plus importants en Amérique.